Passaram-se quatorze anos desde o Terceiro Impacto, Shinji Ikari é resgatado do EVA-01 e descobre que as coisas mudaram, mas não para melhor. Enquanto ele tenta adaptar-se a este estranho e novo mundo, Shinji faz amizade com o enigmático Kaworu Nagisa. Os dois aprendem as terríveis verdades por trás dos Anjos, da NERV, e dos Evangelions. Apenas com Kaworu a apoiá-lo e todo o mundo contra ele, Shinji, deve, agora lutar pela sua única maneira de se redimir.