Quando Phineas, Ferb e Perry seguem o Dr. Doofenshmirtz para uma segunda dimensão, vão encontrar um universo paralelo onde um segundo e ainda mais terrível Dr. Doof comanda a área juntamente com um exército de robôs.Para salvar os seus amigos, Perry faz o impensável e revela a sua identidade secreta como Agente P. Entretanto, Phineas e Ferb conseguem escapar, encontram os seus “equivalentes” na segunda dimensão e dão inicio à sua própria missão para resgatar Perry. E é aqui que começa uma batalha épica onde os nossos heróis vão tentar salvar a sua dimensão das garras do Malévolo Dr.