O filme se passa em um navio Aegis de última geração, com a cooperação total do Ministério da Defesa e da Força de Autodefesa Marítima da vida real do Japão. O cadáver de um membro da Força de Autodefesa foi encontrado - sem o braço esquerdo - e um espião se infiltrou na nave Aegis. A heroína Ran é colocada em perigo e Conan é forçado a enfrentar o perigoso Spy "X".