"O Que É Isso, Companheiro?" conta a história em 1964, quando um golpe militar derruba o governo democrático brasileiro e, após alguns anos de manifestações políticas, é promulgado em dezembro de 1968 o Ato Constitucional nº 5, que nada mais era que o golpe dentro do golpe, pois acabava com a liberdade de imprensa e os direitos civis. Neste período vários estudantes abraçam a luta armada, entrando na clandestinidade, e em 1969 militantes do MR-8 elaboram um plano para seqüestrar o embaixador dos Estados Unidos (Alan Arkin) para trocá-lo por prisioneiros políticos, que eram torturados nos porões da ditadura.