Um professor universitário lê um documento proibido e é possuído por dois demônios, o do trovão e o da luz. Agora, os demônios querem invadir o mundo humano e despertar seus irmãos, os dragões. Hellboy e seus companheiros viajam para o Japão para investigar o caso. Ao chegar lá, o herói encontra a espada das tempestades que o fará conhecer e viajar bem de perto pela mitologia japonesa. Em 1939, um jovem professor destruiu Erzebet Ondrunsko, uma vampira que atacou muitos inocentes com o intuito de se manter jovem. Agora, alguém do interior de Nova York está tentando trazê-la de volta à vida, e o velho professor decide investigar e proteger sua cidade. Junto com ele estarão Hellboy e a equipe do Bureau contra vampiros, monstros, lobisomens, fantasmas, harpias e bruxas - enfim, a velha guarda do horror.