No final do século XVIII, Mendoza, um mercador de escravos, sofre uma crise de consciência por ter matado o seu irmão, Felipe. Para tentar penitenciar-se torna-se jesuíta e une-se a Gabriel, um missionário bem intencionado que luta para defender os índios dos colonos portugueses e espanhóis que os perseguem, e que vai tentar impedir que o Papa mande encerrar as missões jesuítas na região.