Het is veertien jaar na de 'Derde Impact'. De Angels vallen nog steeds de mensheid aan. Shinji Ikari is gered van het Evangelion Unit-01 en merkt dat de wereld niet ten goede is veranderd. Alles ligt in puin, zijn voormalige bondgenoten van NERV zijn hem vijandig en Rei Ayanami, het meisje waar Shinji alles voor heeft geriskeerd, is nergens te vinden. Terwijl hij probeert zich aan te passen aan de nieuwe wereld ontmoet Shinji de raadselachtige Kaworu Nagisa. Samen met hem gaan ze op zoek naar Rei en naar de verschrikkelijke waarheid achter de Angels, NERV en de Evangelions.