Takamachi Nanoha is een normale derde-jaars student die zich nutteloos en out-of-plaats voelt en enkel doel voor ogen heeft. Dan op een dag, redt ze een fret, welke een magisch dier blijkt te zijn van een andere planeet, die naar deze planeet kwam om te zoeken naar juweel zaden. Nanoha stemt in om te helpen, maar deze taak wordt ingewikkeld wanneer een ander meisje arriveert en de juweel zaden steelt.