Nanoha è una ragazzina gentile e tranquilla che passa le sue giornate fra le scuole elementari, che frequenta con le sue amiche Arisa e Suzuka, e la sua numerosa famiglia che gestisce una pasticceria. Un giorno, dopo aver fatto uno strano sogno la notte precedente, scorge tornando a casa un animale ferito del tutto simile a un furetto. Questi però è in realtà Yuuno, un abitante di un altra dimensione sulle tracce di misteriosi artefatti e potenti chiamati Jewel Seed. Nel precipitare degli eventi a causa dell'attacco di un'informe creatura, Nanoha si trova a dover acquisire strumenti e poteri magici per scendere in campo per aiutare il suo nuovo amico a risolvere la situazione. A complicare la situazione arriverà ben presto Fate, una giovane maga della stessa età di Nanoha decisa ad appropriarsi degli artefatti ad ogni costo.