善良的巴吉尔（梶裕貴 配音）带领小精灵伊布（西村ちなみ 配音）及其进化形态组成救援队，专门救治各种遇到困难的小精灵。在完成某次任务返程的路上，他的飞机出现故障，迫降在雪山绿松环绕的山谷。修好飞机后，他从善良的小女孩安娜（加藤英美里 配音）及其爷爷的口中听说了他们的一次历险经历，关键时刻得到一只神秘的神奇宝贝的救助。这时，一名自称丹库（子安武人 配音）的男子出现，他告诉大家那只小精灵名叫超梦（高岛礼子 配音），是人类通过梦幻基因造出了的人工宝贝。丹库称超梦为了救助遇险的他而身受重伤，于是巴吉尔他们启程寻找超梦，谁知情况突然出现变化……