公元2015年，魔术尚成立的最后时代。 为了阻止人类的决定性灭绝而成立了人理续存保障机构・迦勒底，观察到了某个异变。 通过近未来观测透镜・示巴，证实了人类将在2017年灭绝。 迦勒底确定了被认为是导致人类灭绝的特异点。他们决定进行禁断的仪式"灵子转移"——将术者灵子化送往过去进行人理修复。 然而，在进行灵子转移的一瞬间，迦勒底的中央监控室被某人炸毁，他们的计划被阻止了。 在这样的情况下，幸存下来的迦勒底医疗部门负责人罗曼尼・阿基曼和同样幸存的御主藤丸立香被卷入了这次事故……