G.I.'den etkilenen bir yenilginin ardından. Cobra'nın lideri Kobra Komutanı'nın en yakın astları Joe, görünürdeki beceriksizliği ve gerçek zaferler elde edememesi nedeniyle nihayet sabırlarının sonuna geldi. Araştırma ve sorgulama kanadının lideri Dr. Mindbender, çözümü gösteren bir rüya görür. Planı, Kobra için mükemmel lider olacak kompozit bir klon yaratmak için büyük savaşçıların ve askeri liderlerin genetik materyalini toplamaktır. Şimdi bu planı uygulamaya koymak için yola çıktılar ve G.I. Cobra'nın dünya için çok daha büyük bir tehdit haline gelmesinden önce Joe'nun bu komployu öğrenmek için çok az zamanı var.