U.N.G.C.C. (ศูนย์ตอบโต้ก็อดซิลล่าแห่งสหประชาชาติ) กู้ซากของเมชา-คิงกิโดราห์ และสร้างเมก้าก็อดซิลล่าเพื่อใช้ตอบโต้ก็อดซิลล่า ในขณะเดียวกัน มีการค้นพบไข่ยักษ์พร้อมกับสัตว์ประหลาดตัวใหม่ชื่อโรดัน ในไม่ช้าก็พบว่าไข่ไม่ใช่ใครอื่นนอกจากก็อตซิลลาซอรัสทารก