หลังจากโรงเรียนลึกลับเปิดขึ้นฝั่งตรงข้ามถนน นักเรียนของโรงเรียนซูเปอร์ฮีโร่ไฮสคูลก็พบว่าตัวเองต้องเผชิญหน้ากับภัยคุกคามใหม่ ตอนนี้ Wonder Woman, Supergirl, Batgirl และสมาชิกคนอื่นๆ ของ DC Super Hero Girls ไม่เพียงต้องกังวลเกี่ยวกับความเป็นอยู่ของชั้นเรียนเท่านั้น แต่ยังต้องกังวลถึงความปลอดภัยของเพื่อน ครอบครัว และส่วนอื่นๆ ของอารยธรรมอีกด้วย เด็กสาวต้องคิดหาวิธีที่จะหยุดยั้งศัตรูตัวร้ายข้ามเมืองคนใหม่นี้และช่วยโลกอีกครั้ง