Sexåriga Hushpuppy bor med sin pappa i en liten by någon stans i den amerikanska södern. Hon får oftast klara sig själv och ser världen runt sig som ett ömtåligt nät av levande varelser, där hela universums existens är beroende av att alla delar passar ihop. Men en dag rubbas ordningen, byn översvämmas och hennes pappa blir allvarligt sjuk. I ett desperat försök att återställa ordningen måste den lilla hjältinnan ta sig an en katastrof av episka proportioner.