Kubo trollbinder invånarna i sin hemby med sin fantastiska förmåga att skapa magiska berättelser med hjälp av origami. När han råkar framkalla en ond ande som är ute efter hämnd, tvingas Kubo ge sig iväg för att försöka lösa mysteriet kring sin döde samurajpappa och hans mystiska vapen, samtidigt som han upptäcker sina egna magiska krafter.