Under stadens idylliska gator bor boxtrollen, ondskefulla monster som kryper ut ur kloakerna på nätterna och stjäl det invånarna i Cheesebridge håller allra kärast: deras barn och deras ost. Åtminstone är det så legenden lyder. I verkligheten är dock boxtrollen ett älskvärt och knasigt underjordiskt folk som bär omkring på sina kartonger som sköldpaddor bär sina skal. När Boxtrollen blir måltavla för den livsfarliga skadedjursbekämparen Arhibald Snatcher, som ser utrotandet av trollen som en biljett in i Cheesebridge-sociteten, står allt hopp till deras adopterade hjälte Eggs.