I Elias och Kungaskeppet möter vi Elias tryggt vid kaj i Lunvik, men snart får Elias nya utmaningar och farvatten att utforska. Kungaskeppet är saknat och tillsammans med marinen blir Elias rekryterad för att lösa mysteriet. Uppdraget är inte enkelt att lösa och Elias blir till slut borttagen ur operationen. Nedbruten seglar Elias sin egen väg men då allt ser som mörkast ut stöter han på ett välkänt skepp.