Elitmilitärgruppen SG-1 tvingas fly tillbaka till Jorden efter att två av deras medlemmar har försvunnit spårlöst. Men de återkommer till en värld där Stargate - den uråldriga konstruktion som hjälpt dem att resa till hundratals planeter - aldrig har upptäckts, och deras egen historia är raderad. Nu måste de övertyga både en misstänksam regering och armén om att tiden har blivit manipulerad av en mäktig alien (Ba´al), som försöker ta över Jorden. Och tiden är inte på deras sida...