Od vtedy, čo Selene so svojim ľudsko-lykanským milencom Michaelom zničili prastarého upíra Marcusa vo filme Underworld: Evolution, ubehlo už pätnásť rokov. Počas nich ľudstvo odhalilo existenciu upírov, aj lykanov...a rozpútalo vojnu s cieľom zničiť obe rasy. Selene, ktorú v priebehu genocídy zajali, sa po viac ako desiatich rokoch prebúdza ako väzeň v nepriedušnom uzavretom laboratóriu spoločnosti Antigén, silnej korporácie, ktorá sa snaží vyvinúť vakcínu proti vírusom, ktoré majú na svedomí existenciu upírov a lykanov. Keď Selene zistí, že Michael zomrel, je na dne. Jej smútok však netrvá dlho, prekoná ho šokujúca správa, že počas svojho kryogénneho spánku porodila dcéru Eve. V snahe nájsť úkryt pre seba i svoje dieťa sa Selene ocitne vo svete, kde sú príslušníci jej kedysi hrdej rasy na hranici vyhubenia a zvyšok prežívajúcich sa ukrýva v podzemí.