Zatiaľ čo posledné epizódy seriálu sledovali výhradne vnútorné myšlienkové pochody hlavného hrdinu. End of Evangelion rozpráva príbeh o tom, čo sa dialo vonku, k čomu sa celý seriál schyľoval. Mladý Ikari Shinji naposledy usadne do mohutného stroja - Evangelionu, aby čelil poslednému kroku v evolúcií ľudstva. Prijme ho alebo sa postaví na odpor?