Окончила актёрский факультет школы-студии МХАТ, курс Ерёмина, в Москве. С 1998 по 2004 гг. – актриса Московского драматического театра имени Пушкина. Поставила несколько спектаклей в качестве режиссёра. За год до окончания Школы-студии Елена дебютировала в кино, снявшись в эпизодической роли в короткометражке «Чайка» по мотивам одноименной комедии Антона Чехова. В 1998 году Новикова поступила на службу в Московский драматический театр имени А. С. Пушкина, где проработала до 2004 года. За это время актриса запомнилась зрителям в ролях Доры из спектакля Юрия Еремина «Террористы», Хэлен в постановке Кирилла Серебренникова «Откровенные полароидные снимки», Кортни Лав в «Нирване» Юрия Грымова. Актрису можно увидеть в телесериалах «Марш Турецкого» и «Дневник убийцы» (2002), «Отражения» (2004), «Охотники за иконами» (2005), в фильмах «Свадьба» (2002), «Самый лучший фильм» (2007) и «Очень русский детектив» (2008). Заскучав от игры, Елена покинула драматический театр как актриса и занялась преподаванием, а в 2005 году выступила режиссером спектакля «Галка Моталко» по пьесе Натальи Ворожбит. Разочаровавшись в актерской игре, острая на язык Елена с коллегами решила создать среднее между театром и юмористическим клубом. Так в 2015 году на базе Центра им. Мейерхольда появился «Stand Up Циммермана». Новикова стала не просто идейным вдохновителем проекта, но и ярким участником.