Akcja "Pulse: Invasion" toczy się siedem lat w przyszłości w stosunku do oryginału. Ziemia została pozbawiona całkowicie urządzeń elektronicznych, a władzę nad nią przejęły Fantomy. Ci którzy ocaleli żyją razem w obozach dla uchodźców. Justin jest teraz nastolatką, która zaślepiona przez Adama obietnicami zrozumienia i przyjaźni ucieka do miasta.