De opwindende pilot-aflevering van lange duur, 'Rising', stuurt een briljant team van wetenschappers door een Stargate naar de legendarische stad Atlantis. Maar niet alleen staat de stad op het punt te worden overspoeld door oceaanwater, er verschijnt ook een vijand die iedereen in het Pegasusstelsel bedreigt! En in het verlengde 'Enemy at the Gate' uit seizoen 5, terwijl het team de Wraith-bijenkorfschepen probeert uit te schakelen, ontdekken de Wraith coördinaten waarmee ze de aarde kunnen vernietigen!