Alle machines zijn hard aan het werk om het nieuwe opsporings- en reddingscentrum op tijd klaar te krijgen. Wanneer Thomas een vriend in nood komt helpen wordt hij beloon met een reisje naar het vasteland. Na zijn vertrek verdwaalt hij en komt terecht op Misty Eiland, waar hij zijn vrienden Bash, Dash en Ferdinand tegenkomt en met z'n allen proberen ze Thomas de weg naar huis terug te laten vinden. Ondertussen heeft Sir Topham Hatt een reddingsteam samengesteld om Thomas te vinden - zal hem dit lukken? Een film vol actie en avontuur.