De Charlotte uit de titel is Charlotte Salomon, een jonge joodse vrouw die in 1939 Berlijn ontvlucht en zich vestigt bij haar grootouders in Zuid-Frankrijk, in de hoop dat ze daar veilig zal zijn voor de nazi's. Haar geliefde Daberlohn blijft achter. Als de oorlog een eind maakt aan haar liefde voor de 'Arische' Daberlohn, begint Charlotte te tekenen. Als een bezetene. Bijna 1000 tekeningen maakte ze. Allemaal over haar vorige leven in Berlijn. Zeer expressieve beelden die ze voorziet van persoonlijk commentaar. Ze vindt zichzelf via haar kunstwerken, maar in 1943 wordt ze gedeporteerd naar Duitsland en Auschwitz.