Het begon allemaal in die ene zomer, toen Scooby-Doo, Shaggy en Daphne in het geheim de 13 engste spoken ter wereld opspoorden. Ze vinden ze allemaal, op eentje na. Het 13e spook waart nog altijd vrij rond en om hem te vangen, moeten de vrienden hun geheimen achter zich laten.