Kanzo Hattori, bekend als Nin, een van de laatste afstammelingen van de Iga-clan, wordt door zijn vader, grootmeester Hattori, naar Tokio gestuurd om zijn lot als ninja te vervullen. Maar in Tokio komt hij de jonge Kenichi tegen, die zijn leven redt. Nin zweert vervolgens trouw aan Kenichi en onderneemt een genadeloze strijd tegen de rivaliserende Koga-clan, om zijn jonge meester te beschermen...