De Pater vertelt het verhaal van een priester (Tim Roth), in werkelijkheid, een kleine boef die voor zijn woeste achtervolgers vluchtte: rechter Nemes (Nick Nolte) en politieagent Gaspar (Luis Guzmán). Wanneer de zogenaamde Pater op heterdaad betrapt werd op oplichting, vlucht hij in een gestolen auto, niet wetende dat een 16-jarig meisje, Lena (Valeria Henrique), verborgen is op de achterbank. Nadat zij hem chanteerde om haar toe te laten tot zijn reis, plant het duo hun grootste diefstal tot op heden.