Japan wordt aangevallen door Godzilla, die na zijn mislukte aanval van vijftig jaar geleden op wraak zint. Godzilla is bestand tegen praktisch alle conventionele wapens, en uiteindelijk lijkt Godzilla alleen te verslaan door drie heilige monsters, die tot leven worden gewekt door de aanbidding van de zielen van in de tweede wereldoorlog omgekomen Japanse soldaten.