In een toekomst waar ruimtevaart al een alledaags vervoersmiddel is, wordt de aarde bezocht door buitenaardse wezens waarvan de intentie niet altijd even vriendelijk is. Uiteindelijk zal onze planeet zwichten voor de buitenaardse overmacht, maar Captain Harlock weigert de nederlaag in te zien, en start een soort van rebellenoorlog. Met zijn ruimteschip Arcadia en het commando over 40 crewleden, gaat hij op rooftocht om de buitenaardse onderdrukkers zoveel mogelijk te beletten de aarde volledig over te nemen.