No ano de 2267, John Sheridan começa a ter visões de um ser chamado Galen, que avisa a chegada de uma nova ameaça ao universo. Sheridan e Michael Garibaldi inspecionam seu novo projeto, a construção de uma nova nave estelar. Contudo, ex-aliados das sombras buscam vingança contra Sheridan e a aliança terrestre após sua derrota na guerra das sombras, e se infiltram no projeto de construção da nava Excalibur. Eles também conseguem se apoderar de uma arma capaz de devorar o planeta Terra.