아득한 우주 저편에서 지구를 노리고 쳐들어온 공포의 대괴수 기르기르간. 그리고 거기에 맞서는 과학요새연구소와 사오토메 연구소. 하지만 서로에 대한 경쟁심으로 독자적인 행동을 취하는 겟타로보와 그레이트 마징가는 기르기르간의 마수에 속절없이 당하고 만다. 그러나 위기에 처한 지구를 구할 수 있는 것은 양대 슈퍼로봇 밖에 없다. 다시금 협력 체제를 정비한 그레이트 마징가와 겟타로보의 합동작전이 시작된다.