1967년 아프리카 자이르(Zaire)의 모타바 계곡 용병 캠프에서 의문의 출혈열이 발생, 군인들이 죽어가자 미군에 긴급 의료 지원 요청을 한다. 하지만 상황의 심각성을 느낀 미군은 혈액만 채취한 뒤 일방적으로 용병 캠프에 폭탄을 투하 모두 몰살시켜 버린다. 30년의 세월이 지난 뒤, 자이르에서 다시 출혈열이 발생, 감염자는 모두 사망하자 미국에 다시 지원 요청을 하게 된다. 닥터 샘 다니엘즈 육군 대령(더스틴 호프만 분)은 국방부 소속으로서 전염병 예방 및 통제 센터에 파견되어 있다. 그는 역시 CDC에 근무하고 있는 아내 닥터 로비 커우(르네 루소 분)와 마음이 맞지않아 이혼하려고 마음을 먹은 상태. 자신의 친구이자 직속 지휘관인 빌리 포드 준장(모건 프리먼 분)으로부터 정체 불명의 치명적 전염병이 돌고 있는 자이르 우림 지대의 오지에 들어가, 이를 조사하라는 명령을 받게 된다. 열대 정글의 심장부까지 들어간 샘은 에볼라 바이러스보다도 더 빠른 잠복기로 치사율 100%의 무시무시한 바이러스균이 휩쓸고 간 마을을 발견한다. 마을 주민들은 절대 다수가 이미 죽어버린 상태로 장작더미처럼 겹겹이 쌓여있고 극소수의 생존자들마저 죽어가고 있었다. 샘은 67년도 아프라카에서 있었던 모타바 바이러스와 동일한 이 바이러스가 저지되긴 했어도 미국 전역에 퍼질 수 있다는 결론에 도달하여 정부 각료에게 비상조치를 취해달라고 요구하는데...