숲에 버려진 어린 남매, 헨젤(제레미 레너)과 그레텔(젬마 아터튼)은 추위와 배고픔에 떨던 중 무시무시한 마녀와 마주친다. 두 사람은 가까스로 그녀를 화로에 밀어 넣어 죽이고 탈출에 성공한다. 그로부터 15년 후, 마녀들이 무려 11명의 어린 아이를 납치해가는 일이 발생한다. 마을 사람들은 전설적인 마녀 사냥꾼 헨젤과 그레텔에게 마녀를 죽이고 아이들을 되찾아달라고 의뢰한다. 범인을 찾아 어둠의 숲으로 뛰어든 남매는 마녀(팜케 얀센)가 단순히 아이들을 잡아 먹기 위해 납치하는 것이 아니라, 더 엄청난 계략이 숨겨져 있음을 직감하고 마녀와의 화끈한 대접전을 시작하는데…