늘 햇살이 밝게 빛나고 주민 모두가 행복한 도시 써니타운. 시민들의 좋은 친구 JB 시장님이 어느 날 갑자기 사라지고 얼마 지나지 않아 낚시를 하던 미쵸는 편지가 든 병을 낚는데… 놀랍게도 병 속에 든 것은 ‘신비의 섬’으로 자신을 구하러 와 달라는 시장님의 편지였고 함께 들어있던 씨앗은 하룻밤 새 거대한 배로 자라난다. 긴급 호출된 글루코스 박사님은 레이저와 뚫어뻥을 이용해 배를 새 집으로 만들어 주는데, 갑자기 나타난 트위그 부시장의 괜한 트집으로 배는 바다에 풍덩 빠지고 만다. 써니타운의 시장 자리를 차지하려는 트위그 부시장을 막고 시장님을 구하기 위해 미쵸와 세바스찬, 그리고 글루코스 박사님은 함께 커다란 배를 타고 신비의 섬으로 향하는데…