뉴욕 최고의 법률 회사에 소속된 마이클 클레이튼은 합법적으로 처리 할 수 없는 사건들을 전담하는 전문 해결사로 떳떳하지 않은 분야에서 100% 성공률을 자랑하는 신세다. 알코올중독자인 동생 덕에 일주일 안에 8만불을 갚아야 하는 최악의 상황 속에서 동료 변호사인 아서 에든스가 세계적 기업 U/노스 소송 재판이 벌어지고 있는 법정에서 옷을 벗고 난동을 피우는 사건이 발생한다. 회사에 치명적인 손해를 끼칠 수 있는 이번 사건의 해결을 위해 뒷처리 전문 마이클 클레이튼이 긴급 투입된다. 로펌의 가장 중요한 고객인 U/노스 측의 피해를 최소화시키고 동료이자 U/노스의 담당 변호사였던 아서를 보호하는 최선의 방법은 그를 정신병원에 입원시키는 것. 하지만 아서는 “진실은 모두 조작됐다!”는 의문의 말을 마지막으로 자신의 집에서 싸늘한 시체로 발견된다. 결국 자살로 마무리된 그의 죽음에 의심을 품은 마이클 클레이튼은 조사를 시작하고 U/노스 사의 음모가 담긴 기밀 문서를 발견하는데…