메이쿠몬이 갑자기 변이를 일으켜 레오몬을 소멸시키고 왜곡된 공간으로 자취를 감추는 바람에 크게 동요하는 타이치와 친구들. “메이쿠몬이 감염된 거라면 그 원인을 찾아야 해. 뭔가 징후가 없었을까? 대체 언제 감염된 거지?” 상상을 초월하는 상황과 마주하면서도 무언가 대책을 세우고자 고군분투하는 코시로. 하지만 뾰족한 수도 없고, 어떻게든 정보를 얻기 위해 메이코를 추궁한다. “잘 좀 생각해봐요. 감염 이유를 밝히려면 정보가 필요해요.” 고개를 숙인 채 아무런 대답도 하지 못하는 메이코. 감염을 방지하지 위해 코시로의 사무실에 격리된 짝꿍 디지몬들. 하지만 파타몬에게 감염의 징후가 보이기 시작하고... 같은 시각 짝꿍 디지몬들은 히카리에게 깃든 목소리를 통해 디지털 월드에 관한 중대한 비밀을 듣게 된다. “때가... 오고 있어...” 그리고 다시 모습을 드러낸 메이쿠몬과 싸우는 와중에 그 ‘때’가 다가온다. 밝혀진 비밀에 고뇌하는 타이치와 친구들. 저마다 의견이 엇갈리는 가운데 친구들은 하나의 결의를 다진다... “언제든 기다리다 보면, 눈 깜짝할 새 어른이 돼버리겠지.” 지금, 또다시 모험이 진화한다!