La serie segue le avventure della unicorno Twilight Sparkle, allieva prediletta di Princess Celestia, sovrana di Equestria. Twilight, temendo l'avverarsi di un'antica profezia, cerca di avvertire Princess Celestia, ma quest'ultima ignora la minaccia e invia Twilight e il suo draghetto assistente Spike a Ponyville con il compito di stringere nuove amicizie. Suo malgrado, Twilight conoscerà i pony di terra Applejack e Pinkie Pie, i pegasi Fluttershy e Rainbow Dash e l'unicorno Rarity. Durante la ricerca degli Elementi dell'armonia, gli unici artefatti in grado di contrastare il profetizzato ritorno della malvagia Nightmare Moon, Twilight scopre il valore dell'amicizia e decide di restare a Ponyville per approfondire questo sentimento. Nel corso della serie vengono trattati diversi aspetti dell'amicizia, e a fine puntata Twilight farà rapporto alla sua maestra su ciò che ha imparato.