Milioni di anni fa la caduta di un meteorite ha aperto una voragine, in cui vive un mondo parallelo al nostro, dove ora si trova New York. Una giovane paleontologa cerca di bloccare una speculazione edilizia per poter continuare a scavare sotto Manhattan. Ma, laggiù, c'è il tiranno King Koopa, ed è contro di lui che combattono l'idraulico Mario Mario e suo fratello Luigi Mario.