Durante le vacanze di primavera, i terribili gemelli Zack e Cody hanno l'opportunità di partecipare a un progetto scientifico all'interno di un avveniristico centro di ricerche dove il dottor Olsen sta conducendo studi ed esperimenti sui gemelli omozigoti. Qui, conoscono altre due coppie di gemelli ma presto scoprono di essere in pericolo dal momento che le ricerche di Olsen nascondono un doppio fine.