"Batman Ninja" compie un viaggio attraverso i secoli mentre la macchina di spostamento del tempo di Gorilla Grodd trasporta molti dei peggiori nemici di Batman al Giappone feudale, insieme al Cavaliere Oscuro e ad alcuni suoi alleati. I cattivi assumono le forme dei signori feudali che governano la terra divisa, con il Joker assumere la guida tra le fazioni in guerra. Dato che le sue armi tradizionali ad alta tecnologia sono quasi immediatamente esaurite, Batman deve fare affidamento sul suo intelletto e sui suoi alleati - tra cui Catwoman e l'estesa famiglia di Bat - per riportare l'ordine nella terra e tornare all'odierna Gotham City.