Amikor Phineas és Ferb végre rájönnek, hogy hőn szeretett háziállatuk, Kerry, a kacsacsőrű emlős valójában titkos ügynök, aki nap, mint nap a gonosz erők ellen harcol, úgy döntenek, hogy csatlakoznak hozzá, ők is kiveszik a részüket a nagy kalandból, és mire észbe kapnak, máris egy másik dimenzióban találják magukat, ahol az igazán nagyon gonosz Dr. Doofenshmirtz már átvette a hatalmat a környék felett. A kis csapat leleplezi a gonosz nagy tervét, és hármójuknak, valamint az alteregóiknak össze kell fogniuk, hogy megakadályozzák Dr. Doofenshmirtz visszatérését az ő igazi világukba, ahol szintén át akarja venni a hatalmat.