A Mars-kommandó egy 1917-es regényen alapul, melynek szerzője Edgar Rice Burroughs. A filmes szakmában keringő pletykák szerint az eredeti sztori néhány eleme ihlette James Cameron Avatarját. A Mars-kommandó főszereplője John Carter (Antonio Sabato Jr.), aki az amerikai hadsereg mesterlövésze, Afganisztánban teljesít szolgálatot. Carter nem engedelmeskedik feletteseinek, ezért a kormány a közel-keleti megbízás után teleportálással egy másik bolygóra, a Marsra űzi, ahol a katona furcsa lényekkel találkozik. Az alienek saját foglyukként, láncra verve tartják a földlakót, azonban Carternek van egy különleges képessége, hatalmas távolságokat képes átugrani. Hamarosan egy segítője is akad, a rivális Mars-lakók hercegnője, Dejah Thoris, aki próbálja megmenteni a biztos haláltól.