SEELE nem hagyja annyiba a NERV sikereit. Támadást indít a központ ellen. Nem bízzák a véletlenre, ugyanis minden egységüket a központra küldik. Shinji megtörve elbújik a NERV központban a többiek elől. Miután a katonák bejutnak a létesítménybe, kíméletlenül elintéznek mindenkit, akik az útjukba állnak. A feladatuk a három pilóta likvidálása (Shinji, Rei, Asuka). Misato Shinji keresésére indul, de a SEELE beveti a titkos fegyverét, az UNIT 05-ket. Ezek a gépek már pilóták nélkül működnek. Asuka az EVA 02-vel felveszi a harcot ellenük. A feszültség egyre fokozódik, amikor is a harc közepette valami megváltozik. Valami, amit eddig soha nem éreztek. Vajon Misato idejében megtalálja Shinjit, és sikerül-e a NERV-nek visszaverni a támadást? De az egyszer biztos, a döntés ismét Shinji kezébe kerül!