Έπειτα από χρόνια απομόνωσης στους υπονόμους, τα Χελωνονιντζάκια επιχειρούν να βγουν στον έξω κόσμο και μέσω ηρωικών πράξεων να γίνουν αποδεκτά από τους ανθρώπους. Σύντομα, όμως, θα βρεθούν αντιμέτωπα με έναν στρατό μεταλλαγμένων.