Το έτος 2027, ένα χρόνο μετά τη λήξη του μη πυρηνικού Παγκοσμίου Πολέμου IV, μια βόμβα έφυγε με προορισμό το Newport City, σκοτώνοντας έναν μεγαλέμπορο όπλων που ίσως είχε δεσμούς με τη μυστηριώδη Οργάνωση 501. Ο Αξιωματούχος της Δημόσιας Ασφάλειας Daisuke Aramaki προσλαμβάνει όλο το σώμα του κυβερνοχώρου προσθέτοντας τον χρήστη και ικανότατο χάκερ, Motoko Kusanagi, να ερυενήσει το γεγονός.