Τους παγίδευσαν για τη δολοφονία του Grandmaster! Η χαμένη φατρία των νίντζα πρέπει να παλέψει για να βγει στην επιφάνεια της γης αφού τους έχουν απομωνομένους σε ένα υπόγειο πυρηνικό καταφύγιο. Στο δρόμο για την έξοδο πρέπει να παλέψουν με υπερφυσικούς αντιπάλους, μεταλλαγμένους και φυσικά ζόμπι!