Όταν ο πολυαγαπημένος παππούς του 16χρονου Τζέικ Πόρτμαν τού αφήνει στοιχεία για ένα μυστήριο που διατρέχει διαφορετικούς κόσμους και εποχές, ο Τζέικ βρίσκει ένα μαγικό μέρος γνωστό ως «Μις Πέρεγκριν: Στέγη για Ασυνήθιστα Παιδιά». Αλλά τα μυστήρια και οι κίνδυνοι μεγαλώνουν όταν γνωρίζει τους ενοίκους και μαθαίνει για τις ειδικές τους δυνάμεις… και τους παντοδύναμους εχθρούς τους. Τελικά, ο Τζέικ ανακαλύπτει ότι μονάχα το δικό του «ασυνήθιστο χάρισμα» μπορεί να σώσει τους νέους του φίλους.