Die Herrscherin des untergegangenen Reichs Mu möchte mit Entführungen und dem Verursachen von Naturkatastrophen die Weltherrschaft erlangen, die Weltbevölkerung ist in Panik. Nur ein Mann könnte diesem Plan im Wege stehen: der seit dem 2. Weltkrieg verschwundene Kapitän Shinguji. Shinguji lebt auf einem geheimen Inselstützpunkt. Dort hat er mit treu ergebenen Männern das fantastische Super-U-Boot U 2000 konstruiert, das Japan zu neuer Macht verhelfen soll. Als es schließlich gelingt Shinguji ausfindig zu machen, lehnt dieser jegliche Unterstützung ab. Das ändert sich als Agenten von Mu seine Tochter entführen. Nun hat Shinguji eine persönliche Rechnung zu begleichen. Während seine Tochter und andere Gefangene der riesigen Seeschlange Manda geopfert werden sollen, nimmt U 2000 Fahrt auf, um das Mu-Reich aus den Angeln zu heben ...